Ve druhé polovině 18. století otevřely myšlenky osvícenství cestu řadě správních, hospodářských a kulturních reforem, jejichž uskutečňování v českých zemích je spojeno především s osobou Marie Terezie a jejího syna Josefa II.
Na základě tereziánské školní reformy z roku 1772, která zaváděla povinnou šestiletou školní docházku a transformovala dosavadní síť škol, vznikla v Benátkách tzv. triviální škola. Na triviální škole získávali žáci nejzákladnější vzdělání, učili se číst, psát a počítat. Mezi vyučovacími předměty nechybělo ani náboženství. Benátecká triviální škola byla zpočátku dvoutřídní. V roce 1810 byla na žádost hraběte Příchovského zřízena ještě třetí třída německá. Benátecká škola sídlila v budově bývalého křižovnického konventu, ve které se učilo až do roku 1832, kdy škola vyhořela. Po požáru pak škola dlouhou dobu neměla vlastní prostory a vyučování se realizovalo v nevyhovujícím prostředí různých domů ve městě.
Z reforem Josefa II. měl nepochybně největší význam patent z roku 1781, který rušil nevolnickou závislost poddaných na vrchnosti a v platnosti ponechával pouze závislost vyplývající z držby půdy. V praxi tak padly překážky, které doposud bránily obyvatelstvu ve svobodném pohybu. Josefinské reformy zasáhly také do monopolního postavení katolické církve. Patent z roku 1781 zaručoval náboženskou svobodu a přiznával rovnoprávné postavení Židům. Zanikla i řada klášterů a spolu s nimi také mnohá katolická společenstva. Právě v této době bylo v Benátkách zrušeno literátské bratrstvo sv. Anny a jeho nemalý majetek byl později rozdělen mezi školní, chudinský a náboženský fond. Úředně rušeny byly i řemeslnické cechy. V Benátkách přišli v 80. letech o svůj cech řezníci, mydláři, punčocháři a tkalci. Řada cechů však svou existenci po několika letech opět obnovila.
Josefinskými reformami byla upravena i organizace správy měst. Od 16. století až do 2. poloviny 18. století zůstávala správa města v rukou voleného sboru konšelů. V případě poddanských měst byl konšelský sbor doplňován ještě rychtářem. Toho dosazovala vrchnost, která vyvíjela úsilí o co možná největší omezení městské samosprávy. V Benátkách byli mezi radními zastoupeni zpravidla dva rychtáři. Na omezení dosavadní míry samosprávy měst měl ovšem zájem především stát. Městská správa byla zreformována do jednotného centralizovaného a zbyrokratizovaného systému. Podkladem změn v městské správě bylo nařízení o tzv. regulovaných magistrátech z roku 1783. Reformou zanikly původní městské rady volené z okruhu měšťanstva. Do správy města pronikli placení státní úředníci, kteří byli právnicky vzděláni. Podle velikosti a hospodářského významu byla města rozdělena do tří základních skupin. První skupina měst obdržela tzv. úplný magistrát. Ten byl zčásti obsazen až šesti zkoušenými radními a zčásti radními nezkoušenými, kteří byli voleni na dva roky jako zástupci měšťanů. Do kompetence zkoušených radních spadala především soudní agenda, radním nezkoušeným náležel pouze poradní hlas v otázkách hospodářských. Ve správě měst menšího hospodářského významu zůstala stará rada s purkmistrem, třemi radními a dvěma staršími, kteří byli voleni na dvou až tříleté období. Správu města ale řídil dosazený státní úředník - syndik, spolu s kancelistou a sluhou. Města, která ze svého rozpočtu nemohla uvolnit ani 450 zl., což byla nejnižší suma potřebná na financování magistrátu, ztratila svou soudní pravomoc.
Při šetření majetkových poměrů města Benátek se ukázalo, že na zaplacení 450 zlatých na zkoušeného radního, kancelistu a sluhu benátecký rozpočet nestačí a městu hrozilo, že jeho soudní agenda bude přidělena buď vrchnostenskému úřadu, o což pochopitelně usilovali Příchovští, nebo nejbližšímu královskému městu. Po odprodeji několika městských pozemků se však Benátkám podařilo městské finance navýšit a v roce 1797 už nic nebránilo tomu, aby byl městu povolen regulovaný magistrát třetí třídy. Úřadovny benáteckého magistrátu se usídlily na náměstí v budově bývalé kaple sv. Rodiny, kterou v roce 1794 odkoupil a městu daroval Ludvík Černý.
S procesem centralizace a byrokratizace úředního aparátu souviselo i to, že ve správě města se začala čím dál tím víc používat němčina. V roce 1796 byla němčina úředně zavedena do benáteckých radních protokolů. Se zbyrokratizováním správy se rozrostl také počet specializovaných městských knih. Byly vedeny například knihy poplatků za úřední výkony, knihy evidující odměny za vykonané posílky apod.
Na počátku 19. století zasáhly do chodu města napoleonské války. Od roku 1802 až do konce válečných operací v roce 1815 bylo v Benátkách opět "ukvartýrováno" vojsko a jeho přítomnost tradičně působila řadu těžkostí. Mnozí měšťané se snažili ubytovací povinnosti pro vojsko zbavit. Benátecký měšťan Václav Laudil z tohoto důvodu například žádal v roce 1816, aby byl jeho příbytek prohlédnut a úředně prohlášen za nezpůsobilý k pronájmu.
V roce 1816 po tragické smrti Františka Vojtěcha Příchovského, který si přivodil smrtelný úraz pádem z koně, zdědily Benátky jeho sestřenice Marie, Eliška a Josefina Mladotovy ze Solopisk. Jejich sňatky s hrabaty z Thunu a Hohensteina se Benátky dostaly do držení tohoto starého jihotyrolského rodu. Do Čech Thunové přišli po Bílé hoře a ve službách Habsburkům dosáhli vysokých postů ve státních úřadech a nabyli také značného pozemkového majetku.
V letech mohutného rozvoje národního života, kdy buditelé usilovali o rozvoj českého jazyka a české vzdělanosti, kdy byly zakládány nové české kulturní a vědecké instituce a vydávány česky tištěné publikace a periodika, nebylo mezi benáteckými měšťany národní vědomí ještě příliš výrazně rozvinuté. Jistě se i zde našli propagátoři české národní myšlenky a obránci českého jazyka, ale jejich úsilí zůstávalo zatím spíše ojedinělé.
Významným a pro široké vrstvy obyvatel přístupným prostředkem působení v duchu vlastenectví se stalo divadlo, zejména ochotnické. V Benátkách působil ochotnický divadelní spolek od roku 1819. Divadelní představení se nejprve pořádala v prostorách zámku a hrálo se německy pro zámecké panstvo a jejich hosty. Ale už v roce 1823 překvapili ochotničtí divadelníci česky hraným představením, které se uskutečnilo v domě kupce Svačiny. Později ochotníci účinkovali v domě u Macáků a nakonec zakotvili u Kindlů. Od roku 1828 pořádali ochotníci pravidelná představení pro širokou benáteckou veřejnost. Část z výtěžků ochotnických představení byla později použita na vznik veřejné knihovny a čítárny. Nepotvrzenou domněnkou zůstává, že některému představení byl přítomen i Bedřich Smetana, který v krátkém období let 1844-1847 zastával v rodině hraběte Thuna místo učitele hudby.
Velké oživení znamenal rok 1848. Pod tlakem revoluce byla přislíbena konstituce a doufalo se také v řešení otázky státoprávního uspořádání monarchie. Po vzoru ostatních měst založili obyvatelé Benátek ozbrojenou gardu. Její aktivity se však omezily pouze na cvičení se zbraní a pravidelné schůzky v bývalé strážnici na náměstí.
Rok 1848 přinesl do života společnosti zásadní změny. Byly položeny základy ústavního uspořádání monarchie a zrušením roboty a poddanského poměru byl odstraněn poslední pozůstatek feudálního zřízení.