Protože "prokazoval po mnoho let velmi četné a cenné služby nám a našemu vznešenému rakouskému domu se statečnou pílí a zmužilostí a tím si získal nesmrtelné zásluhy a pověst", věnoval císař Ferdinand III. v roce 1647 benátecké panství generálu Janovi z Werthu. Dar celého panství byl zároveň i splátkou za dluh 190 000 zlatých vzniklý vydržováním císařského vojska.

Jan z Werthu byl člověkem své doby. Pocházel z dolního Porýní, z prosté venkovské rodiny - jeho gramotnost byla omezena na umění se podepsat - a od ranného mládí sloužil v armádě. Na straně habsburské armády se zúčastnil i bitvy na Bílé hoře. Stále stoupal po žebříčku vojenských hodností a ve službách bavorského kurfiřta se stal velitelem jeho jízdy. V roce 1635 byl povýšen do šlechtického stavu, za což se odvděčil vpádem se svými jezdci do Francie, kde ohrožoval samotnou Paříž. V posledním období třicetileté války přešel do služeb Ferdinanda III. Po skončení bojů žil stárnoucí Werth v Benátkách spolu se svojí mladičkou manželkou Zuzanou Marií, rozenou hraběnkou z Kuefsteinu. Na svém panství se choval tvrdým vojáckým způsobem - prakticky po celou dobu, co bylo benátecké panství v jeho rukách, měl spory jak s poddanými na vesnicích, tak i s měšťany Nových Benátek. Jeho stálé snahy o zpřísnění robotních povinností a ignorování privilegií svobodných měšťanů, které také pokládal za obyčejné poddané, narážely na zcela pochopitelný odpor. Jan z Werthu dokonce nechal představitele města v čele s primasem zavřít do vězení. Až na zásah pražských místodržících byl donucen respektovat práva benáteckých měšťanů. Konflikt měl i s řádem cyriaků, neboť Werth si vyžádal odvolání zdejšího faráře, člena řádu, pod záminkou jeho neznalosti němčiny a na faru dosadil svého polního kaplana. Následnou při cyriaci prohráli, naopak Jan z Werthu si zajistil právo i nadále ustanovovat benáteckého duchovního správce podle své vůle.

Nový majitel Benátek dal zásadně upravit své sídlo. K dosavadnímu renesančnímu zámku bylo přistavěno nové barokní křídlo - v pramenech se pak uvádějí dva zámky, starý a nový, každý s vlastním vchodem a schodištěm. Byla postavena i četná hospodářská stavení a celý zámecký prostor byl ohražen zdí se třemi branami.

Mnohem problematičtější byl Werthův soukromý život. Manželství se Zuzanou z Kuefsteinu bylo zcela nevydařené. Věkový rozdíl mezi manželi, to, že Zuzana se za Wertha vdala jen z poslušnosti k otci, a zřejmě i založení mladé manželky vedlo k její mnohočetné a jen ledabyle skrývané nevěře. Náhlá smrt Jana z Werthu v roce 1652 rozpoutala mnohaletý spor mezi dědici o majetek a platnost Werthovy závěti. Vdova po Janu z Werthu sice nedědila nic, ale její syn, narozený až po Werthově smrti - o kterém panovaly důvodné pochyby, zda je skutečně jeho synem - se měl podílet na dědictví významnou měrou. Komplikovaná pře se táhla až do roku 1679, kdy došlo k definitivnímu rozhodnutí podepřené autoritou zemského soudu. Bývalá Werthova manželka se mezitím provdala, ovdověla a znovu provdala a stále bojovala o "své" benátecké panství, jehož části se stala právoplatnou dědičkou, neboť její syn František Ferdinand z Werthu náhle zemřel. Díky tomu, že konečné rozdělení dědictví bylo provedeno naprosto detailně, je znám přesný popis celého panství. Tzv. starobenátecký díl získala dcera Jana z Werthu Lambertina von Frentz. Patřila k němu ves s hospodářským dvorem Staré Benátky, dvůr v Obodři a mimo dalších drobnějších majetků také vsi Podolec, Stará Lysá, Vrutice a část Kbela. Tzv. díl dražický zdědil František Maxmilián z Klarštejna, syn Zuzany z druhého manželství. Ten zahrnoval část nového zámku, dvůr s pustým hradem v Dražicích, části Kbela a Zdětína a vsi Sedlec, Dolní Slivno a Slivínko. Františka Zuzana z Klenové, Zuzanina dcera, získala tzv. milovický díl se vsí a dvorem Milovice a část Vrutic. Samotná Zuzana obdržela čilecký díl, sestávající ze vsi a dvoru Čilec a vsí Mladá, Lipník, Jiřice, dílů vsí Straky a Zbožíčko a mlýna v Podolci. Poslední, pátý díl dostal František Bohumír Hartman z Klarštejna, další Zuzanin syn. Tento zdonínský díl zahrnoval dvůr ve Zdoníně, vsi Dvory a Obodř, bažantnici u Strak a díly vsí Straky, Zbožíčko a Zdětín. Zámek - jehož nová část však v roce 1656 vyhořela - byl rozdělen mezi všechny dědice, stejně tak město Nové Benátky. Část panství měla zůstat společná - například kuchyně v zámku, kovárna, prostranství kolem zámku, pivovar a sladovna, mlýn pod Benátkami, řeka Jizera či vodárna. Společná zůstala i některá práva a platy - lov lososů v řece, platy dvou rybářů, dvou židů a kata nebo právo obnovovat radu v Nových Benátkách. Zuzana, nyní podle třetího manžela hraběnka Kabová z Kaberka, se snažila panství opět sjednotit. Postupně vykoupila všechny díly panství až na jeden, ale zadlužila se tak, že žila prakticky v bídě. Aby udržela majetek, provdala se počtvrté za Arnošta Bohumíra hraběte ze Schützenu a Leopoldsheimu, dalšího z dlouhé řady šlechticů, kteří byli přijati mezi české stavy až po třicetileté válce. Když v roce 1698 hraběnka Zuzana zemřela, zřejmě nikdo v Benátkách nelitoval.