Ekonomická mizérie i obecná nespokojenost lidí se současnými poměry, třebaže vyjadřovaná většinou jen v kruhu rodiny a přátel, směřovala nezadržitelně ke krachu stávajícího systému a k rozhodující změně politické situace. Když k ní v listopadu 1989 skutečně došlo, nebyli jsme na ni vůbec připraveni. Přesto se mezi námi našli lidé, kteří byli schopni a ochotni podílet se na vedení státu i jednotlivých obcí. Také v Benátkách bylo hned v lednu 1990 kooptováno několik členů nedávno vytvořeného Občanského fóra do městské rady a obecního zastupitelstva, ve svobodných volbách v listopadu téhož roku pak kandidáti OF získali naprosto rozhodující většinu. Nadvláda pravice v městském zastupitelstvu byla potvrzena také ve volbách v letech 1994 a 1998, kdy nejsilnější stranou se vždy stala Občanská demokratická strana.
Několik let života v demokratické společnosti poznamenalo tvář města převážně v pozitivním smyslu slova. V rámci nově vytvořeného územního plánu a dlouhodobě a pečlivě vypracovaného programu regenerace městské památkové zóny prošel rozsáhlou a kvalitní rekonstrukcí objekt zámku, kde kromě městského úřadu, Muzea Benátky a Muzea hraček získalo odpovídající prostory i vedení společnosti AVE CZ odpadové hospodářství, s.r.o.. Opravena byla modlitebna Církve československé husitské (bývalá radnice) na Husově náměstí, v objektu bývalého internátu byly upraveny prostory pro zvláštní školu. Město rovněž vybudovalo kvalitní penzion pro důchodce, zimní stadion se dočkal zastřešení. Plánovitě probíhala plynofikace jednotlivých městských obvodů, která z velké části vyřešila největší problém lokálního vytápění pevnými palivy, totiž zamoření ovzduší. V jejím rámci byla realizována výstavba plynových kotelen a teplofikace sídliště a části Husova náměstí. Realizace dalších bodů programu regenerace bude pochopitelně do značné míry závislá na množství finančních prostředků, které budou z vlastních, ale také ze státních, popř. i z jiných zdrojů v nejbližších letech k dispozici.
Zdaleka ne všechno se ovšem podařilo. Síť obchodů a služeb utrpěla na počátku rychlou, avšak ne vždy vydařenou privatizací, která přivodila časté změny majitelů a nájemců jednotlivých živností a tím i špatnou dostupnost některých druhů služeb. Postupně však díky aktivitě občanů vznikla řada malých a středních obchodů i dalších živnostenských provozoven, které dokázaly poměrně rychle a nápaditě reagovat na potřeby obyvatel města. Nabídku zboží a služeb výrazně obohatila výstavba velkoprodejen potravin Plus Discount, a.s., Penny Market, s.r.o. a obchodní zóny ve Starých Benátkách. Na druhé straně ovšem díky uvedeným změnám vyvstal zcela nový a doposud netušený problém: většina potřebných obchodů i služeb a tím i společenský ruch se přesunuly z historického centra do Starých Benátek a zejména oblast Husova náměstí se stala do určité míry "spící zónou".
V potížích se ocitl největší podnik ve městě, Carborundum Electrite, a.s., jehož střídající se majitelé nedokázali najít dostatečný odbyt pro dříve velice žádané výrobky. Na druhé straně prosperovala řada menších firem, ať už navazujících na starší tradice (Horákova benátecká sodovkárna, Sladospol spol. s.r.o., tiskárna EX 05, Družstevní závody Dražice nad Jizerou, s.r.o.) nebo vzniklých teprve v devadesátých letech (dopravní firmy Mansfeld a MTC Doza, firma GSP, Pragopolair, Autop Bohemia, Gravograph ČR, atd.).
A ještě jeden pozitivní jev souvisí s nejnovějším vývojem. Po odchodu sovětských jednotek a poměrně dlouhých administrativních tahanicích mohlo město začít využívat část bývalého vojenského prostoru Milovice-Mladá, která přešla do jeho majetku. Uskutečnění rozsáhlých záměrů bylo limitováno objemem dostupných finančních prostředků, nicméně jedna z plánovaných akcí mohla být realizována díky vstupu německého kapitálu poměrně záhy. 1. září 1994 byla uvedena do provozu velkokapacitní moderně řešená skládka firmy AVE CZ odpadové hospodářství, s.r.o., vlastně první svého druhu na území celého státu.
Jaký bude další vývoj města, kde dnes žije téměř 7000 obyvatel, je těžko předvídat a není to ani úkolem historika. Mnohé však nasvědčuje tomu, že přes řadu problémů, se kterými se v devadesátých letech potýkaly, mají Benátky nad Jizerou před sebou dobrá a úspěšná léta.